Date de publication

Il y a 30+ jours

Adresse

Bondy, IDF

Description

Fil d'Ariane Ingénieur de recherche en bio-informatique et analyse fonctionnelles de données NGS UMMISCO - Délégation régionale IRD Ile-de-France - Bondy Poste ouvert en mobilité interne & externe Catégorie A– Corps IR– Groupe 3 Bio-informatique – Analyse de Données Omiques – Applications Translationnelles La structure que vous allez rejoindre L'Unité Mixte Internationale de Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexes (UMMISCO UMI 209) rassemble des chercheurs, enseignants-chercheurs et personnels administratifs dynamiques et passionnés travaillant majoritairement au Sud (dans nos centres au Sénégal, Maroc, Cameroun et Vietnam) par des approches de pointe en mathématiques (Systèmes Dynamiques, EDO, EDP, etc.) et en informatique (IA, Modélisation à base d’agents, Machine Learning, etc.) répondant à des questions liées au développement durable. UMMISCO est spécialisée dans la modélisation dont les applications stimulantes s’inscrivent dans les domaines de la santé (sur les maladies infectieuses comme la Dengue ou la COVID-19, mais aussi les maladies chroniques comme les maladies cardiométaboliques) ou ceux de l’environnement durable (pêche durable, pollution, biodiversité, sol, etc.). UMMISCO est un laboratoire multiculturel travaillant dans une ambiance stimulante et bienveillante. Une mission attractive L’agent recruté sera placé sous la responsabilité d’un chargé de recherche expérimenté et pourra participer à plusieurs projets scientifiques menés dans l’unité. Il/elle apportera un soutien aux chercheurs de l’unité dans l’analyse bioinformatique et statistique des données générées par le séquençage haut-débit (e.g. nanopore), en particulier dans le domaine de la métagénomique mais plus largement des données omiques. Il s’impliquera dans la formation en bio-informatique, bio-statistique et analyse de données sur ces approches auprès de nos étudiants et collaborateurs au Sud dans nos centres. Ses activités principales seront les suivantes : Concevoir, développer et mettre en œuvre des pipelines bio-informatiques pour des données de séquençage à haut débit (NGS) ainsi que pour leur intégration Analyser et simuler des données omiques pour développer une recherche méthodologique, valider et interpréter biologiquement les résultats et observations issues de ces analyses Construire des catalogues de référence génomiques et fonctionnels Valoriser les aspects liés aux chaines de traitement développés (package R ou Python), brevets, publications, etc Concevoir et animer des actions de formation en bio-informatique et bio-statistique sur les données "omiques" Évaluer les performances computationnelles des traitements et condition de translation dans un usage au Sud Assurer une veille technologique et bibliographique des différents approches de quantification Votre future équipe L’agent recruté intègrera une groupe transdisciplinaire au sein d’UMMISCO composée d’ingénieurs (un IE junior et un IR expérimenté) ainsi que des chercheurs (un CR et un DR) et deux post-docs spécialisés en apprentissage automatique et analyse de données omiques dans le contexte biomédical. Ce groupe collabore en étroit partenariat académique avec le laboratoire NutriOmique (Sorbonne Université/INSERM UMRS 1269), ainsi que le Centre d’Investigation Clinique (CIC) de la Pitié Salpêtrière, notamment à travers de cohortes caractérisées pour leur profil "omique" et phénotypique. Le profil que nous recherchons Vous avez développé les compétences suivantes : Très bonne connaissance des technologies de séquençage NGS (dont métagénomique) et de l’analyse des données Solide expérience dans les méthodes d'annotation fonctionnelle des données NGS, l'assemblage de-novo du génome, la quantification taxonomiques et fonctionnelle, la reconstruction et l'analyse de différents types de réseaux biologiques Bonne connaissance de la biologie des systèmes, de la modélisation et de la simulation de systèmes biologiques Bonne compétence en analyse statistique et en intelligence artificiell Pratique courante des langages R et Python, des suites logicielles bioinformatiques, des BD biomédicales, des WorkFlow compétences en calcul haute performances sont un plus Vous faites preuve des qualités humaines suivantes : Sens de l’organisation, autonomie et prise d'initiatives. Facilités d’interactions avec des interlocuteurs de différents domaines et niveaux (Bio-informaticien/biologiste chercheurs/étudiants). Vous avez une formation en bio-informatique & bio-statistique (diplôme niveau 7) L'IRD, un Institut qui donne du sens à votre carrière Votre mission au service d’une science engagée pour un futur durable : L'IRD en 230 secondes page LinkedIn "
Source: Institut de recherche pour le developpement / IRD